公司之间借款是否合法根据实际情况而定。
有下列情形之一，人民法院应当认定民间借贷合同无效：
1.套取金融机构信贷资金又高利转贷给借款人，且借款人事先知道或者应当知道的;
2.以向其他企业借贷或者向本单位职工集资取得的资金又转贷给借款人牟利，且借款人事先知道或者应当知道的;
3.出借人事先知道或者应当知道借款人借款用于违法犯罪活动仍然提供借款的;
4.违背社会公序良俗的。
其他违反法律、行政法规效力性强制性规定的。企业间借贷，是指非金融企业之间相互借款的行为。
企业可以给公司内部员工借款，若是要收取利息，则贵公司收取的利息应按其他服务业缴纳营业税及附加、印花税(印花税条例上没有明细规定非金融机构要缴，但大部分税务机关在实际中要计算)、企业所得税(并入企业利润计算缴纳);
需根据具体情况分析，有可能涉及个税。 若借款人为企业投资者，企业借款给企业投资者或其家庭成员，借款期限超过一年(或年度终了)又未用于企业生产经营的款项，应视情况按规定税目缴纳个人所得税。其中属于个人独资企业、合伙企业的个人投资者发生的借款，依照“个体工商户的生产经营所得”项目计征个人所得税;属于除个人独资企业、合伙企业以外的其他企业的个人投资者发生的借款，依照“利息、股息、红利所得”项目计征个人所得税。
若借款人为员工(非投资人) 此时需要分清借款是为个人所用，还是用于企业的生产经营(例如备用金)。如果属于个人借款，借款期限超过一年(或年度终了)，应按“工资、薪金所得”计征个人所得税。如果员工出差向公司借了备用金，属于用于企业生产经营，不需要缴纳个人所得税。
公司法定代表人借款是公司借款要根据情况分析，只有法定代表人签名的借款，是否能够认定为公司借款，取决于所借款项是否用于企业经营。如果出借人能够证明是用于一起经营的，可以要求法定代表人与企业共同承担偿还责任。
《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第二十三条第二款规定：企业法定代表人或负责人以个人名义与出借人签订民间借贷合同，所借款项用于企业生产经营，出借人请求企业与个人共同承担责任的，人民法院应予支持。
借款申请书是公司向开户银行申请借贷时填写的文书。公司由于某种原由，导致生产经营经过中资本短缺的，可向银行申请流动资本借贷。借贷申请书的主要内容有：借款单位名称;申请借款种类;借款金额;借款时限;借款原由;自有资本情况;还钱来源等。